Duaalijärjestelmä on toimivin tunnettu tapa eriyttää korkeakoulutusta. Suomessa duaalijärjestelmä koostuu kahden tyypin ohjelmista. Yliopistotyypin ohjelmat kouluttavat korkean tason professionallisiin tehtäviin ja tarjoavat samalla valmiudet jatkaa opintoja tutkijan uralle. Ammattikorkeakoulutyypin ohjelmat kouluttavat korkean luokan professionaalisiin tehtäviin, mutta eivät tähtää varsinaisesti tieteelliselle uralle. Ammatillisempaan ohjelmatyyppiin liittyy käytännön harjoittelua ja työelämän tutkimusta.

Duaalijärjestelmässä instituutiot tukevat tätä eriytymistä. Ammattikorkeakoulut ja yliopistot ovat erillisiä organisaatioita. Niiden tulosohjaus ja palkitseminen ovat eriytyneitä. Myös opettajakunnan rakenne ja tehtävät poikkeavat toisistaan.

Onko eriytynyt rakenne välttämätön duaalirakenteen säilymiselle. Ikäluokkien pieneneminen on nostanut Suomessa esille tarpeen rationalisoiden korkeakoulutusta erityisesti maakuntakaupungeissa. On esitetty vaatimuksia yliopistojen ja ammattikorkeakoulujen läheisemmästä yhteistyöstä, jopa fuusioitumisesta keskenään.

Tunnetuin duaalimallin kilpailija lienee saksalainen Gesamthohschule. Nämä yhtenäiskorkeakoulut perustettiin 1990-luvulla vaihtoehdoiksi pelkästään korkeatasoiseen professionaaliseen koulutuksen keskittyville Fachohschuleille. Saksalaisissa yhtenäiskorkeakouluissa opiskelija voi edetä joko ammatillista tai yliopistoreittiä. Yliopistolinjan opetusohjelma ei paljonkaan poikkea mistä tahansa muusta yliopisto-opiskelusta. Ammatillista reittiä opiskeleva voi sen sijaan ensimmäisen yhteisen jakson jälkeen valita joko ammatillisemman tai teoreettisemman vaihtoehdon. Ammatillisempi vaihtoehto muistuttaa Fachhohschulien ohjelmia kun taas teoreettisempi vaihtoehto ei paljonkaan poikkea yliopistollisista ohjelmista.

Gesamhhohschulejärjestelmä ei ole muodostunut aidoksi vaihtoehdoksi en enempää ammattikorkeakouluille kuin yliopistoillekaan. Saksalaisissa yhtenäiskorkeakouluissa hallitsee vahva yliopistollinen hegemonia. Ammatillisempi koulutus on vähemmän arvostettua ja sen uhkana on jatkuva yliopistomaistuminen. Päätöksentekoa ja ohjelmien rakentamista hallitsevat vahvat akateemiset arvot. Gesamhthohschulet ovatkin jääneet marginaaliseksi ilmiöiksi saksalaisessa järjestelmässä eikä uusia ole perustettu alkuhuuman jälkeen.

Ilmeistä on että ammattikorkeakoulujen ja yliopistojen fuusioituminen johtaisi Suomessakin ammatillisesti suuntautuneiden ohjelmien yliopistomaistumiseen. Ammatillisilla ohjelmilla ei olisi tukenaan omia organisaatioita, omaa eriytynyttä henkilökuntaansa, eikä omalle pohjalle rakentuvaa tulosohjausta ja rahoitusta. Pahimmassa tapauksessa niistä kehittyisi vain toisen luokan yliopistollisia ohjelmia.

OECD:n hiljattain julkaistussa raportissa esitettiin muitakin vaihtoehtoja yliopistojen ja ammattikorkeakoulujen yhteistyölle. Korkeakoulut voivat perustaa vapaaehtoisen konsortion tai yhteisen federaation. Näille on tyypillistä, että ammattikorkeakoulut ja yliopistot yhteisistä organisaatioista huolimatta säilyttävät itsenäisyytensä. Tällaisissa ratkaisuissa ammattikorkeakoulutyypin ohjelmilla säilyy riittävä institutionaalinen ja ohjauksellinen tuki ja niillä säilyy mahdollisuus kehittyä omalta, aidolta pohjaltaan.